lammps建模小技巧：msi2lmp不能转换data文件的一种解决方法

lammps建模小技巧：msi2lmp不能转换data文件的一种解决方法

大家好，我是小马老师。

对于复杂的lammps模型，可以使用MS建模，建模完成后使用msi2lmp这个免费的工具转换为lammps支持的data文件。

相关的视频教程可以参考：

​​lammps教程：H2氢气建模以及转化为data文件方法​​

​​lammps视频教程：Cu_H2O润湿模型建模方法​​

在整个建模和转换过程中，可能会出现各种各样的错误，导致转换失败。

本文介绍一种错误的解决办法。

以ZnO建模为例，在MS中导入ZnO模型，按照传统流程，扩胞后使用forcite模块设置cvff力场。

错误的主要原因是无法为Zn原子分配力场。

按照正常的流程，这一步出错，后面的转换过程就无法正常进行。

其实不然，虽然MS没有分配Zn原子力场，但是我们依然可以把forcite计算后的ZnO.xsd文件导出为ZnO.car文件。

使用msi2lmp ZnO -class I -frc cvff>data.ZnO会提示原子“xx”mass错误：

在命令行中添加“-i”忽略力场错误，使转换过程继续进行，命令为：

msi2lmp ZnO -class I -frc cvff -i >data.ZnO

转换完成后，会产生ZnO.data文件，用记事本打开后发现该文件大部分数据是完整的，只有部分数据不准。

例如，Zn原子没有被识别出来，mass为0，原子类型为“xx”。

下面手动修改这部分数据。

（1）把“xx”全部替换为“Zn”

（2）修改Zn的mass为65.38

（3）删除势函数类型和参数。

势函数可以在in文件中重新设置，如果新的势函数文件不需要键角等信息，也可以在data文件中删除键角等信息。

处理之后的data文件为：

在Ovito中打开ZnO文件，可以正常显示，在lammps in文件中也可以正常读取这个模型。

​使用msi2lmp这个工具转换data文件的最主要目的是获得原子的拓扑结构，因此，即使在MS中力场参数设置不全，也可以转换data文件，自己稍作处理即可。​

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