PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具

PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具

PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具，通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图，甚至还可以进行富集分析。

软件的官网如下

​​下载的gpml 通路文件，可以直接导入这个软件中。以 ​​WP554​​ 这个通路为例

​​信息。

不仅可以编辑原有的元素，还可以通过如下所示的工具栏中的选项，插入新的元素，具体的用法就不展开了。

对于编辑好的通路图，可以选择 ​​File​​​ -> ​​Export​​ 进行导出，可以导出为图片，支持PDF， PNG，SVG， TIFF 4 种格式，也可以另存为gpml 等文件格式。

检索基因相关的通路信息

在右侧的面板上，有个​​Search​​ 功能，可以查询基因对应的通路信息

首先需要一个用于检索的数据库，就是一个文件夹，这个文件夹下是所有pathway的gpml文件，可以从wikipathway 的官网得到。然后输入需要检索的基因名称，提供了Symbol 和 ID 两种格式。通过 ​​Search​​ 功能，可以方便的查询基因相关的通路信息。

这个软件还可以安装插件，使其功能更加强大。

总结

​​PathwayVisio​​​ 是一款针对wiki pathway通路的可视化工具。通过这个软件，我们不仅可以从​​gpml​​文件得到对应的通路图，还可以对通路图进行编辑和修改；通过​​Search​​功能，可以方便的查询基因相关的通路信息；这个软件还有很多插件，将功能扩展的更加强大，值得我们去探索；

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