snakemake学习笔记003：stringtie合并转录本

snakemake学习笔记003：stringtie合并转录本

SRR, = glob_wildcards("output.gtf/"+"{srr}.gtf")#SRR = ["ERR188401","ERR204916"]#rule all:# input:# expand("output.gtf/"+"{srr}.gtf",srr=SRR),rule gtflist: input: gtffiles = expand("output.gtf/"+"{srr}.gtf",srr=SRR) output: output_txt = "MergedList.txt" run: with open(output.output_txt,'w') as f: for gtf in input.gtffiles: print(gtf,file=f)

第一行SRR后面有一个逗号

最开始没写这个逗号，一直遇到报错

image.png

​​Building DAG of jobs... MissingInputException in line 3 of /mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq/snakemake.rnaseq/gtf_list.py: Missing input files for rule all: output.gtf/['ERR188337', 'ERR188245', 'ERR188428', 'ERR188401', 'ERR204916', 'ERR188383', 'ERR188104', 'ERR188257', 'ERR188273', 'ERR188044', 'ERR188234', 'ERR188454'].gtf​​

版权声明：本文内容由网络用户投稿，版权归原作者所有，本站不拥有其著作权，亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容，请联系我们jiasou666@gmail.com 处理，核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。